名满天下的孔融在洛阳开始了他的仕途。但一个资历尚浅的公务员即使名声再大，也换不来尊严。他先是作为司徒杨赐的属官，去祝贺河南尹何进升迁为大将军。何进却摆谱，让孔融在门口等着。孔融一怒之下拽回自己的名帖扬长而去，回到单位就交了辞职信。故事却没有结束，这个升为大将军的何进为了对付宦官集团十常侍，招来了暴戾残忍的凉州军阀董卓。
孔融怎么会待见董卓这种没文化又视人命如草芥的莽夫？二人互相看不顺眼，此时山东北海郡刚好闹黄巾军起义，董卓干脆把他下放到那儿，想借刀杀人。孔融也确实没有让董卓失望，他把那些在和平时代大量需要却在战争年代一无是处的事情全搬到北海去：修学校，招募有学问的人，大兴文化活动，赡养孤寡老人。不久黄巾军打过来，风卷残云。
多么不合时宜，但又何尝不是一种纯粹？孔融傻人有傻福，他在北海赡养过一个孤寡老人，那人正是东海太史慈的老母，黄巾军打过来，孔融便请太史慈向当时的平原相刘备求救，刘备受宠若惊：没想到名满天下的孔融还知道我！立刻派了三千人马过去。孔融有惊无险，逃过一劫。
天下如同坐着过山车，几年就经历一次翻天覆地的大变局，但孔融，像一块千年前留下来的石头，不知变通，依然故我。现在，天下来到了曹操的时代。与当时许多汉臣一样，曹操表现出的进取心，让孔融把曹操当作匡扶天下的能臣，对他掏心掏肺。但曹操，根本没打算认真听他说话。曹操把他像活菩萨一样供起来，以显示他对读书人、对孔子家族的尊敬。在曹操治下，孔融先后担任的都是朝廷上那些无所事事的闲职。
可是孔融没领会曹操的意思，他以为他必须履行一个朝廷命官的监督职责，而监督最有权力的人则是刚正忠诚的人最大的义务。
曹操当时是“老子天下最大”，又不拘小节，送到孔融面前的把柄是一筐连着一筐。
曹操打袁绍，打下来一个“战利品”：漂亮女人甄氏。原来自己想要，结果儿子先提了，老子总不能不讲风格，于是把甄氏让给了曹丕。
这件事情在曹操的幕府里影响比较恶劣：漂亮的女人一向是亡国祸水，夏商周三代，一朝一个，都葬送了几百年的基业。而就是这个甄氏，把袁绍给害死了。
大家都敢怒而不敢言：曹操性情多变，现在和你称兄道弟，心里面说不定正想着怎么让你脑袋搬家。可是孔融敢。没过两天，就当大家以为此事已经过去了的时候，孔融将一份“考古发现”呈到了曹操的面前：武王灭商，苏妲己并不像历史上说的那样是被赐死的，而是被赏赐给了周公。
曹操颇为欣喜，问道，耶？真有此事啊？从哪里考证出来的？
孔融的回话简单明了：不过是从现在发生的事情倒推上去，想当然耳。
这件事情有一点人身攻击的意思，曹操不太高兴，但也没对孔融怎么样。没想到接下来，他做什么孔融就反对什么。
人都怕苦怕累更怕死，谁都不喜欢打仗。可是大多数人讲话都比较委婉，满口德政、养民地去劝曹操。孔融的同事贾诩就是这样：小事睁只眼闭只眼，大事迂回曲折地劝，见老板要发飙，转身就跑。
只有孔融抱持理想者原来的样子。他专拣重要的事、难听的话讲，显示出极差的人际交往技巧。本来，孔融行走江湖这么多年，不该如此不懂人情世故，可是，在他的时代，在汉末虚伪的“孝”与曹操虚伪的“忠誠”“大度”中，他忍得太久。现在，他宁愿去死，也不想再忍了。
作为九卿之一，孔融上朝的时候不遵朝仪，不戴礼帽，甚至溜达溜达去了后宫……孔融曾经对祢衡说，父亲对于孩子有什么恩德呢？他不过是为了满足自己的情欲;母亲对孩子有什么恩德呢？孩子在她的肚子里就像东西放在缸里，取出来也就罢了……终于，曹操对他开始感到头疼了——愤青可以容忍，因为他们只有愤怒，但是没有社会影响力;可是老愤青就要严格管制了，因为这些人不但自己愤，而且还能带领大家一起愤，这就叫不安定因素了。孔融既不懂得柔顺，又不想闭嘴，只能杀了。
建安十三年（208年），曹操的秘书班子将孔融的罪名拟定妥当。一共四条，皆为其平时出格的言行，哪一条也不是必死的重罪。
孔融看到这份罪状的时候心里一定没有太多波澜，对于一个生无可恋的人来说，死未必是一种惩罚。他甚至可能带有一种悲壮的殉道感——犹如后来本可以苟且逃生的谭嗣同选择血染菜市口。
孔融是这个时代的最后一个儒者，尽管不合时宜，但他还是笃行儒家精神。他像个剑客，单枪匹马地想要恢复一种早已远去的时代精神，却和与风车作战的堂吉诃德一样，成为一个孤独而怪异的骑士。
有的人，一辈子也不会发现这样荒唐的虚无。
孔融死，妻子皆被诛。他用自己的生命结束了儒家理想在这个时代实现的可能。
只是可怜了他的两个小儿子，和孔融年少之时何其相像的两个聪慧的孩子。得到父亲被治罪下狱的消息时，两个人正在下棋，脸上毫无惊慌之色。没有人知道这两个当时一个七岁、一个九岁的孩子的想法。知道的，只是这两个本可能和孔融一样在中国的历史上闪耀几许光芒的孩子，用超越年龄的镇定留下的一句千古名言：
覆巢之下，焉有完卵。
